Atari bringt 1991 eine überarbeitete Version des Atari Lynx heraus, den Lynx II. Er besitzt gegenüber seines Vorgängers einige sinnvolle Veränderungen.
Das Gehäuse ist mit den Maßen 23,5 x 10,8 x 5,1 cm deutlich kompakter, außerdem lassen sich Module einfacher einsetzen. Der Lynx II ist leichter als sein Vorgänger und unterstützt Stereo-Sound am Kopfhörerausgang. Nutzer klagen, dass die Audio-Ausgabe leiser geworden ist.
Die Hintergrundbeleuchtung lässt sich durch einen Schalter ein- und ausschalten. Technische Verbesserungen reduzieren den Stromverbrauch um 15 %. Durch das Hardware-Update und ausgeschalteter Hintergrundbeleuchtung erhöht sich die Betriebsdauer um bis zu 2 Stunden.
Der Vorgänger schaltet nach 5 Minuten Inaktivität automatisch in den Ruhemodus, was den Verlust des Spielstandes bedeutet. Das verärgerte viele Spieler, sodass Atari eine andere Stromsparmaßnahme realisiert: nach 5 Minuten schaltet sich nur noch der Bildschirm ab.