In Japan erschien im März 1993 die PC Engine Duo R. Sie verfügt über ein geschwungeneres Design als das Duo-Urmodell und eine weißgraue Gehäusefarbe. Außerdem ist die CD-Lade ein wenig anders gestaltet und die Konsole verzichtet auf einen Kopfhörer-Ausgang. Im Juni 1994 veröffentlichten NEC und Hudson Soft schließlich noch die PC Engine Duo RX. Optisch nochmals dezent überarbeitet, lieferten die Hersteller sie mit einem veränderten Gamepad mit sechs Aktionsbuttons aus.
Unter PC Engine-Fans zählen die verschiedenen PC Engine Duo-Varianten heute zu den beliebtesten Inkarnationen der Konsolenfamilie. Zum einen verfügen sie über ein recht schlichtes und zeitloses Design. Zum anderen ist es nicht nötig, sie mit Hardware-Add-ons zu verbinden, um CD-ROM-Titel überhaupt erst abspielen zu können.